肾结石形成的原因较多，主要和代谢异常、局部因素、药物因素等有关。一般来说，人体尿液中一些物质浓度过高，析出结晶就可能形成肾结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出过多。据统计，约90%的肾结石含有钙。
代谢异常相关原因
尿液中成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增多时，就容易形成结石。比如尿钙排泄增多，就会使尿液中钙浓度升高，超出尿液的溶解度后，钙就可能结晶沉积形成结石；草酸摄入过多也会增加风险，像菠菜、苋菜、巧克力等食物中草酸含量较高，长期大量食用后，草酸吸收过多，经过代谢随尿液排出时，就可能导致草酸浓度升高形成结石。尿液酸碱度异常：尿液酸碱度改变也会影响结石形成。例如尿酸结石多在酸性尿液中形成，感染性结石则易在碱性尿液中形成。如果尿液pH值异常，就会改变某些物质的溶解度，促使结石形成。
局部因素相关原因
尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液引流不畅，使尿液中的晶体物质容易在局部沉积，从而引发结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄、输尿管结石等都可能引起尿路梗阻，进而增加肾结石发生的几率。感染因素：泌尿系统感染时，细菌、坏死组织等可作为核心，促使晶体沉积形成结石。而且感染还会改变尿液的酸碱度，有利于结石的形成。例如变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液变碱性，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。
药物因素相关原因
某些药物导致：一些药物服用后可能会增加肾结石形成的风险。比如氨苯蝶啶、茚地那韦、硅酸盐和磺胺类药物等。以磺胺类药物为例，其代谢产物溶解度较低，容易在尿液中析出形成结晶，进而发展为结石。