子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，但有一些主要因素。其中，子宫内膜种植学说被广泛认可，经血逆流时，子宫内膜碎片可能种植在其他部位，据统计，约10% - 15%的育龄女性存在经血逆流情况，但并非所有人都会发病。
遗传因素
家族遗传倾向： 如果家族中有直系亲属患有子宫内膜异位症，那么女性患病的风险会增加。研究发现，遗传因素可能通过影响免疫系统、内分泌等多种途径，增加子宫内膜异位症的发病几率。例如，有家族史的女性，其发病风险比无家族史者高7 - 10倍。
免疫因素
免疫系统异常： 人体的免疫系统在正常情况下可以识别和清除异位的子宫内膜组织，但当免疫系统出现异常时，就可能无法有效清除这些异位组织。比如，免疫细胞的功能缺陷，导致其不能正常发挥对异位内膜的监视和清除作用，使得子宫内膜组织在子宫以外的部位种植、生长，从而引发子宫内膜异位症。
内分泌因素
雌激素水平影响： 子宫内膜的生长受雌激素的调控，雌激素水平过高会促进子宫内膜的增生。在一些情况下，如长期服用含有雌激素的药物、内分泌失调导致雌激素分泌过多等，会使子宫内膜过度增生，增加异位种植的机会。另外，孕激素水平相对不足时，也不利于抑制子宫内膜的异位生长。例如，患有多囊卵巢综合征的女性，常存在内分泌紊乱，雌激素水平偏高，孕激素水平相对较低，这类女性子宫内膜异位症的发病风险相对较高。