子宫内膜异位症的病因目前尚未完全明确，不过有一些主要因素被认为与之相关。其中，经血逆流是比较重要的一个因素，据研究，约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，当经血中的子宫内膜细胞逆流到盆腔等部位时，就有可能种植生长，进而引发子宫内膜异位症。
经血逆流相关因素
经期宫腔操作影响： 比如在经期进行宫颈管狭窄、处女膜闭锁等宫腔操作时，会增加经血逆流的风险。因为正常情况下经血应该是从宫腔排出体外，但这些操作可能阻碍经血正常流出，促使经血更容易逆流到盆腔等地方。子宫位置异常： 子宫后倾后屈位的女性，相对来说更容易发生经血逆流，使得子宫内膜细胞有更多机会种植到盆腔其他部位。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症，那么女性患病的风险会有所增加。研究发现，大约15% - 20%的子宫内膜异位症患者有家族史，遗传因素可能通过影响基因表达等方式，使个体更容易出现子宫内膜异位的情况。基因相关作用： 某些特定基因的突变或异常表达可能与子宫内膜异位症的发生有关，例如与细胞粘附、免疫调节等相关的基因，当这些基因出现问题时，就可能干扰子宫内膜细胞的正常代谢和种植过程。
免疫防御功能异常
免疫监视功能缺陷： 人体的免疫系统本应能够监视并清除异位的子宫内膜细胞，但如果免疫监视功能出现缺陷，就无法有效地将逆流到盆腔等部位的子宫内膜细胞清除掉，从而导致这些细胞在局部种植、生长，逐渐形成子宫内膜异位病灶。炎症反应参与： 异位的子宫内膜细胞在种植部位会引发炎症反应，炎症介质会促进子宫内膜细胞的存活、增殖以及血管生成等，进一步推动子宫内膜异位症的发展。例如一些细胞因子的异常分泌会参与到这个炎症过程中，使得异位病灶不断扩大。