肠胃功能紊乱可以使用调节胃肠动力的药物、调节肠道菌群的药物等。一般来说，常用的调节胃肠动力药物有多潘立酮等，调节肠道菌群的药物有双歧杆菌四联活菌片等。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。它主要是通过阻滞多巴胺受体，增强胃蠕动，促进胃排空。但需要注意，存在胃肠道出血、机械性肠梗阻或穿孔的患者禁用。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，可用于改善功能性消化不良、胃肠功能紊乱引起的烧心、早饱、上腹胀等症状。它通过兴奋5-羟色胺4（5-HT4）受体，促进乙酰胆碱释放，从而增强胃肠蠕动。不过，对莫沙必利过敏者禁用。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠胃功能紊乱引起的腹泻、便秘等症状。服用时应注意避免与抗菌药物同时服用，如需服用抗菌药物，需间隔2-3小时。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可调整肠道菌群，对肠胃功能紊乱有一定的调节作用。它能促进有益厌氧菌生长，抑制有害菌繁殖。使用时要注意避免与抗菌药物同服，若必须服用，需分开时间。
抑制胃酸分泌的药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于肠胃功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。但严重肾功能不全者及婴幼儿禁用。兰索拉唑： 同样是质子泵抑制剂，作用机制与奥美拉唑类似，可用于治疗肠胃功能紊乱相关的胃酸分泌过多情况。不过，对兰索拉唑过敏者、正在服用硫酸阿扎那韦的患者禁用。