肠胃功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物来缓解症状，比如常用的有多潘立酮、莫沙必利等。一般来说，根据不同的症状表现选择合适的药物能起到较好的改善作用。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，它主要是通过阻断多巴胺受体，增强胃肠道蠕动。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，可刺激肠肌间神经丛释放乙酰胆碱，增强胃肠道运动，改善消化不良、腹胀等情况。
改善消化功能类药物
消化酶制剂： 像复方消化酶胶囊，里面含有多种消化酶，能帮助消化蛋白质、脂肪和碳水化合物，适用于因消化酶分泌不足引起的肠胃功能紊乱。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，能在肠道内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，调节肠胃功能。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等四种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的肠胃功能紊乱，比如腹泻、便秘等情况。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠胃功能。
缓解胃肠痉挛类药物
颠茄片： 能解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解肠胃痉挛引起的疼痛，不过青光眼患者禁用。山莨菪碱片： 也可用于解除胃肠平滑肌痉挛，改善肠胃功能紊乱导致的痉挛性疼痛，但脑出血急性期及青光眼患者禁用。