胃肠功能紊乱可使用调节胃肠动力的药物、调节肠道菌群的药物等。一般来说，常用的调节胃肠动力药物有多潘立酮等，它能促进胃肠蠕动；调节肠道菌群的药物有双歧杆菌四联活菌片等，可调节肠道菌群平衡。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解消化不良、腹胀、嗳气、恶心、呕吐等症状。但需要注意，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠蠕动，改善功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等消化道症状。老年人用药需注意，若出现不良反应应及时就医。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人体具有潜在危害的细菌。婴幼儿服用时，可将药片碾碎后溶于温牛奶或温开水中服用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善人体微生态环境。儿童服用时需在成人监护下进行。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能特异性地抑制胃壁细胞顶端膜构成的分泌性微管和胞浆内的管状泡上的H+-K+-ATP酶，从而有效地抑制胃酸的分泌。适用于胃酸分泌过多引起的胃肠功能紊乱相关症状，如反酸、烧心等。严重肾功能不全者及婴幼儿禁用。雷贝拉唑： 也是质子泵抑制剂，通过抑制胃酸分泌来缓解胃肠功能紊乱中因胃酸过多导致的不适症状。老年患者使用时需注意监测，如出现异常应调整用药。