矮小症的原因有多种。一般来说，遗传因素是常见原因之一，如果父母双方童年期身材矮小，孩子患矮小症的几率可能会增加。
一、内分泌疾病导致
生长激素缺乏或分泌不足： 生长激素是促进人体生长的重要激素，垂体病变等可能引起生长激素分泌减少，从而影响身高增长。例如，垂体发育异常的孩子，生长激素分泌不足，会导致身高明显低于同龄人。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对生长发育也至关重要，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响骨骼生长和身体代谢，使得孩子生长缓慢，出现矮小的情况。
二、染色体异常引起
特纳综合征： 这是一种常见的性染色体异常疾病，主要发生在女性身上。患者染色体核型为45，XO或其他变异型，除了身材矮小外，还可能伴有外貌特征改变等情况。唐氏综合征： 由21 - 三体染色体异常导致，患儿除了智力发育迟缓外，身体生长也会受到影响，表现为身材矮小。
三、营养因素相关
营养不良： 长期摄入的营养物质不能满足身体生长发育的需求，比如蛋白质、能量、维生素、矿物质等缺乏，会影响骨骼的生长和身体的发育，导致身材矮小。例如，婴幼儿时期喂养不当，蛋白质摄入不足，就可能影响身高增长。营养过剩： 过度肥胖的孩子也可能出现矮小问题，因为肥胖可能会影响内分泌功能，干扰生长激素的正常分泌和作用，从而阻碍身高的正常增长。