矮小症是指儿童的身高低于同性别、同年龄、同种族儿童平均身高的2个标准差（-2SD），或低于第3百分位数（-1.88SD）。导致矮小症的原因有多种。
遗传因素导致
家族性矮小： 如果父母双方都属于身材矮小，那么孩子遗传矮小的概率相对较高。这种情况是由于基因遗传决定的，孩子的生长潜力在遗传因素的限制下，可能会出现身高低于正常范围的情况。染色体异常： 比如特纳综合征，这是一种常见的性染色体异常疾病，主要发生在女性患儿身上。患者的染色体核型为45，X0或其他变异型，会导致生长缓慢，身高明显低于正常同龄人，同时还可能伴有外貌特征的改变，如颈蹼、面容特殊等。
内分泌因素导致
生长激素缺乏或分泌不足： 生长激素是促进人体生长发育的重要激素。如果垂体分泌生长激素的功能出现障碍，就会引起生长激素缺乏性矮小症。患儿出生时身高体重往往正常，1岁以后生长速度逐渐减慢，身高低于同龄儿童。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对儿童的生长发育也起着关键作用。当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响骨骼的生长和发育，导致患儿生长迟缓，身材矮小，同时还可能伴有智力发育落后、皮肤粗糙、面色苍黄等症状。
营养因素导致
营养不良： 长期摄入的营养物质不能满足身体生长发育的需求，会影响身高的增长。例如，蛋白质、热量、维生素、矿物质等营养物质缺乏，会导致身体的生长发育受到阻碍。营养过剩： 过于肥胖的儿童也可能出现矮小症相关问题。过度肥胖可能会影响内分泌系统的功能，导致生长激素分泌异常等情况，进而影响身高的正常增长。
疾病因素导致
慢性疾病： 一些慢性疾病会消耗身体的能量和营养，影响生长发育。比如先天性心脏病、慢性肾病、哮喘等疾病，患儿长期处于疾病状态，身体的代谢和营养吸收受到影响，从而导致身高增长缓慢。骨骼疾病： 像软骨发育不全，这是一种遗传性的骨骼发育不良疾病，主要是由于软骨内骨化过程出现障碍，导致长骨生长受限，患儿表现为四肢短小，身材矮小，但智力发育一般正常。