矮小症的原因有多种。一般来说，遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，孩子遗传矮小的概率相对较高。据统计，约70%的矮小症儿童存在遗传因素相关问题。
一、内分泌疾病导致
生长激素缺乏： 垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体分泌生长激素不足，就会影响孩子的生长发育。比如垂体发育异常等情况，会使生长激素分泌减少，从而导致身材矮小。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对生长发育也至关重要。当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响机体的新陈代谢和生长发育过程，导致孩子生长迟缓，出现矮小症表现。
二、染色体异常引起
特纳综合征： 这是一种常见的染色体异常疾病，主要发生在女性患儿身上。由于性染色体异常，会影响生长激素的作用以及相关生长发育途径，导致患儿身材矮小，通常伴有第二性征发育不全等表现。唐氏综合征： 患儿存在21号染色体三体异常，除了智力发育迟缓外，生长发育也会受到影响，表现为身材矮小等特征。
三、其他因素影响
宫内发育迟缓： 孕妇在孕期如果出现营养不良、感染等情况，可能会导致胎儿在宫内发育迟缓，出生后身高就比正常新生儿低，后续生长也可能相对缓慢，容易发展为矮小症。慢性疾病影响： 一些慢性疾病，如先天性心脏病、慢性肾病等，会影响孩子的营养吸收、代谢等过程，从而阻碍生长发育，导致身材矮小。例如，患有慢性肾病的孩子，由于疾病影响机体的正常代谢和营养状况，生长速度会明显减慢。