矮小症是指儿童的身高低于同性别、同年龄、同种族儿童平均身高的2个标准差（-2SD），或低于第3百分位数。引起矮小症的原因有多种，以下是详细介绍。
遗传因素导致
父母身高影响： 如果父母双方都比较矮小，那么孩子遗传矮小的概率相对较高。比如父母身高都处于矮身材范围，孩子出生时身高就可能低于正常均值。基因变异： 某些单基因缺陷会导致矮小症，如特纳综合征，这是一种性染色体异常疾病，女性患者染色体核型为45，XO，主要表现为身材矮小，成年身高多低于150cm。
内分泌因素引起
生长激素缺乏或分泌不足： 生长激素是促进骨骼生长的重要激素。如果垂体分泌生长激素不足，就会影响身高增长。儿童期生长激素缺乏症的患儿，每年身高增长通常低于5cm。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对生长发育也至关重要，它能促进蛋白质合成及骨骼、中枢神经系统的生长发育。若儿童时期甲状腺功能减退，会出现生长迟缓，身高低于正常同龄儿，还伴有智力发育落后等表现。
慢性疾病影响
先天性心脏病： 患有先天性心脏病的儿童，由于心脏功能受限，影响身体的血液循环和营养供应，从而影响生长发育，导致身材矮小。例如一些复杂型先天性心脏病患儿，生长速度会明显慢于正常儿童。慢性肾病： 慢性肾病会影响机体的代谢和营养吸收，导致患儿生长发育障碍。肾功能不全的儿童，身高增长往往落后，而且还可能伴有贫血、高血压等其他症状。
营养与生活方式因素
营养不良： 长期摄入蛋白质、热量、维生素等营养物质不足，会影响骨骼的生长。比如儿童处于生长发育阶段，饮食中缺乏足够的钙、磷等矿物质，就会影响骨骼的钙化，导致身高增长受限。缺乏运动： 适当的运动可以刺激骨骼生长板，促进生长激素分泌。如果儿童长期缺乏运动，也可能影响身高增长，比如一些长期卧床或运动极少的儿童，身高增长可能比经常运动的儿童慢。