小腹两侧隐痛可能由多种原因引起。比如女性的附件炎，这是常见原因之一，女性内生殖器官中，输卵管、卵巢被称为附件，附件发生炎症时可能导致小腹两侧隐痛，一般炎症发作时可能伴随白带异常等情况。
妇科相关原因
盆腔炎：女性盆腔内的器官发生炎症，如子宫、输卵管、卵巢等部位的炎症都可能引发小腹两侧隐痛，盆腔炎急性发作时可能伴有发热、下腹部疼痛加剧等症状，慢性盆腔炎则可能反复发作，病程较长。子宫内膜异位症：子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，当异位的内膜累及盆腔两侧时，就会出现小腹两侧隐痛，往往在月经期间症状会加重，有的患者还会伴有痛经进行性加重、不孕等情况。
泌尿系统相关原因
输尿管结石：如果输尿管内有结石，当结石移动时可能会引起小腹两侧隐痛，这种疼痛通常比较剧烈，呈绞痛样，还可能伴有血尿，患者会感觉疼痛难以忍受，疼痛会向会阴部放射。肾盂肾炎：肾脏肾盂发生炎症，也可能导致小腹两侧隐隐作痛，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等尿路感染症状，严重时还会出现发热、寒战等全身症状。
肠道相关原因
乙状结肠炎：乙状结肠发生炎症时，可能出现小腹两侧隐痛，还可能伴有腹泻、大便不成形等症状，腹泻程度轻重不一，有的患者大便中会带有黏液。结肠痉挛：肠道痉挛也可能引起小腹两侧隐痛，比如腹部着凉、进食过多生冷食物等都可能诱发结肠痉挛，疼痛一般为阵发性，可自行缓解，但可能会反复发作。