口腔溃疡的治疗药物有多种，常见的局部用药有西瓜霜喷剂等，一般使用后能在一定程度上缓解疼痛、促进愈合。
局部抗炎类药物
复方氯己定含漱液： 它能有效抑制口腔内的细菌，减轻炎症。使用时取适量含漱，一般一次含漱10 - 15毫升，每天2 - 3次。但对氯己定过敏者禁用。西地碘含片： 可以直接卤化细菌的体蛋白，杀菌抗感染。含服，一次1.5 - 3毫克，一日3 - 5次。孕妇及哺乳期妇女慎用。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶： 能促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加速溃疡愈合。清洁创面后，取适量凝胶涂于患处，一日4次。对本品过敏者禁用。维生素B2片： 当人体缺乏维生素B2时可能引发口腔溃疡，补充后有助于黏膜修复。一般成人一次5 - 10毫克，一日3次。但大量服用后尿呈黄色，需注意。
止痛类药物
利多卡因凝胶： 有局部麻醉作用，能快速缓解口腔溃疡引起的疼痛。用时涂于溃疡表面，一次用量不宜超过0.4毫升。对酰胺类局麻药过敏者、严重肝肾功能障碍患者以及癫痫持续状态患者禁用。苯佐卡因凝胶： 也可起到止痛效果，涂抹于溃疡处，能暂时减轻疼痛。但使用时要注意避免接触眼睛及其他黏膜（如口、鼻黏膜）。