肠功能紊乱可使用调节肠道菌群药物等改善，比如双歧杆菌四联活菌片，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，一般有一定效果，但见效快慢因人而异。
常用调节肠道菌群药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，可抑制有害菌生长，改善肠道功能，帮助缓解肠功能紊乱引起的腹胀、腹泻或便秘等症状。枯草杆菌二联活菌颗粒： 能补充肠道正常生理细菌，调整肠道菌群，促进肠道对营养物质的消化、吸收，抑制肠道致病菌，达到调整肠道功能的目的。
胃肠动力调节药物
多潘立酮片： 可促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解肠功能紊乱导致的腹胀、早饱等症状。但需要注意，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 选择性地促进胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、肠功能紊乱引起的相关症状，如烧心、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等。老年人使用时需注意观察，如有不适及时就医。
对症治疗药物
蒙脱石散： 如果肠功能紊乱伴有腹泻症状，蒙脱石散可以吸附肠道内的病原体和毒素，保护肠道黏膜，起到止泻作用。儿童可按剂量服用，成人也适用，但过量服用可能引起便秘。复方消化酶胶囊： 当肠功能紊乱出现消化不良表现时，复方消化酶胶囊能促进食物消化，增强食欲，有助于改善因消化功能异常引起的肠功能紊乱情况。但对本品过敏者禁用，急性胰腺炎患者及胆道完全闭锁患者禁用。