三岁宝宝发烧39摄氏度时，最快的退烧方式是将药物治疗与物理降温相结合。
一、物理降温：
1.宝宝发热时，可以用温水毛巾敷在前额上，起到一定的降温作用。
2.如果宝宝存在手脚冰凉的情况，可同时适当用温水给宝宝泡手脚，这样能帮助改善手脚冰凉状况，也有助于散热。
3.发热期间要让宝宝多喝点水，以加速体内热量的散发。
4.必要时还可以给宝宝泡个温水澡。
二、药物治疗：
1.宝宝出现高热现象，需要结合退烧药进行退热治疗，比如使用布洛芬混悬液或者对乙酰氨基酚栓等。
2.同时还需要查明具体的发热病因，选择对因药物进行治疗。如果是细菌感染，可适当使用抗生素类药物，如头孢唑肟或阿莫西林等；如果是病毒感染，可适当使用抗病毒药物，如抗病毒滴丸或抗病毒口服液等。
总之，对于三岁宝宝发烧39摄氏度的情况，要综合运用物理降温和药物治疗来帮助宝宝尽快退烧，并且要查找病因进行针对性治疗。