支原体和衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，泌尿生殖系统感染支原体或衣原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄；女性感染后可能出现白带增多、尿道灼热等，部分人可能无症状。而呼吸道感染支原体时，起病较缓慢，可有发热，体温可达38℃左右，咳嗽多为刺激性干咳，可持续较长时间。
泌尿生殖系统感染症状表现
男性泌尿生殖系统：感染后1-3周左右发病，除了尿道刺痒、灼痛，还可能出现尿道口有少量稀薄的分泌物，晨起时可能会发现尿道口有痂膜封口现象。部分患者还可能伴有附睾炎，出现阴囊红肿、疼痛等症状。女性泌尿生殖系统：感染后症状相对隐匿，多数人症状较轻。可能出现阴道分泌物增多，呈黏液脓性，外阴有瘙痒感，同时可能伴有尿道不适，如排尿时有灼热感等，少数人可能会出现盆腔炎，表现为下腹部疼痛、发热等。
呼吸道感染症状表现
初期表现：感染支原体引起呼吸道感染时，初期可能有乏力、头痛等全身症状，随后出现咳嗽，多为阵发性刺激性呛咳，咳少量黏液。一般发热可持续2-3周，体温恢复正常后可能仍有咳嗽症状。儿童特点：儿童感染支原体后咳嗽症状可能更明显，有的儿童可能会出现喘息，听诊时肺部可闻及干湿啰音等。
其他部位感染症状
眼部感染：衣原体感染可能引起眼部炎症，出现眼睛红肿、疼痛、流泪、有分泌物等症状，类似于结膜炎的表现。咽部感染：支原体或衣原体感染咽部时，可出现咽部不适、疼痛、咽干等症状，有的可能伴有轻微咳嗽。