眼睛一大一小可能由多种原因引起。一般来说，先天性因素较为常见，比如胚胎发育过程中眼部组织发育不均衡，这种情况从出生就可能存在。
先天性因素
先天发育异常： 胚胎在发育至3 - 8周时，眼部结构若出现异常分化，就可能导致眼睛大小不同。比如眼部肌肉、眼眶骨等发育不对称，从出生后就能发现双眼大小有差别。遗传因素： 如果家族中有眼部大小不对称的遗传倾向，后代出现眼睛一大一小的概率会相对高些，这是因为遗传基因影响了眼部的正常发育形态。
后天性因素
眼部疾病导致
眼睑疾病： 像睑腺炎（麦粒肿），如果一侧眼睑发生严重的睑腺炎，出现明显红肿、肿胀较厉害时，可能在外观上看似眼睛变小；而眼睑外伤导致一侧眼睑瘢痕性收缩，也会使眼睛看起来比另一侧小。一般睑腺炎多发生在细菌感染眼睑腺体后，常见于熬夜、用眼不卫生等情况后。眼部肌肉病变： 动眼神经麻痹会影响眼部肌肉的正常运动，导致一侧眼睛上睑下垂等情况，从而使眼睛看起来比另一侧小。动眼神经麻痹可能由颅内病变、糖尿病等多种原因引起，例如糖尿病患者血糖控制不佳时，可能并发动眼神经病变。
神经系统问题
面神经麻痹： 面神经麻痹会影响面部肌肉的运动，包括眼部周围肌肉。一侧面神经麻痹可能导致眼轮匝肌等肌肉运动异常，出现眼睑闭合不全等情况，从外观上看眼睛大小有差异。面神经麻痹可由病毒感染（如带状疱疹病毒侵犯面神经）、脑部血管病变等引起，比如脑梗死患者可能伴随面神经麻痹症状。