功能性消化不良可使用促胃肠动力药，如多潘立酮；抑酸剂，如奥美拉唑；助消化药，如复方消化酶等。
促胃肠动力药
适用于以腹胀、早饱、嗳气等为主要症状者。多潘立酮能促进胃肠蠕动，加快胃排空。但需注意，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。
抑酸剂
对于上腹痛、反酸、烧心等症状明显的患者适用。奥美拉唑可抑制胃酸分泌。但严重肾功能不全者及婴幼儿禁用。
助消化药
当患者存在消化不良伴有进食后饱胀等情况时可选用。复方消化酶能补充消化酶，帮助消化。但急性胰腺炎早期患者禁用。
抗抑郁药
对于伴有明显精神症状的功能性消化不良患者，可考虑使用。如阿米替林等，但这类药物可能有嗜睡、口干等不良反应，老年人使用需谨慎评估。