来月经时肚子疼、腰疼主要与前列腺素作用、子宫位置异常等因素有关。据统计，约有半数以上女性在经期会出现不同程度的痛经表现，其中部分人会伴随腰疼症状。
前列腺素分泌异常：
女性月经期间，子宫内膜会合成并释放较多的前列腺素。当前列腺素分泌过多时，会引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现肚子疼的情况。同时，前列腺素还可能会影响到腰部的神经，导致腰疼。一般在月经来潮的前1-2天，这种疼痛和腰疼的感觉比较明显。
子宫位置异常：
先天性子宫后倾后屈： 女性子宫如果先天性位置异常，如后倾后屈，在月经期间，子宫收缩时需要加强收缩才能将经血排出体外，这就容易引起子宫痉挛性收缩，进而导致肚子疼，并且这种异常位置还可能会牵拉周围的韧带，引发腰疼。子宫肌瘤等疾病导致的子宫位置改变： 一些患有子宫肌瘤等疾病的女性，由于子宫形态发生改变，经期时也容易出现肚子疼、腰疼的症状，而且疼痛可能会随着肌瘤的增大而加重。
妇科疾病影响：
子宫内膜异位症： 子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，就是子宫内膜异位症。在经期时，异位的内膜组织也会出血，刺激周围组织，引起肚子疼，疼痛还可能放射到腰部，导致腰疼。这种疼痛通常会进行性加重，也就是一年比一年疼得厉害。盆腔炎： 女性盆腔存在炎症时，在月经期间，盆腔充血会使炎症部位刺激加重，从而出现下腹部疼痛，并且疼痛可能会牵涉到腰部，导致腰疼。患者往往还会伴有白带增多、异味等症状。
生活方式因素：
寒冷刺激： 经期如果不注意保暖，受到寒冷刺激，会使盆腔内的血管收缩，导致子宫缺血缺氧，引起肚子疼，同时也可能影响腰部血液循环，出现腰疼。比如在经期穿着过少、接触冷水等。过度劳累： 月经期间身体本来就比较虚弱，如果过度劳累，如长时间站立、剧烈运动等，会加重身体的疲劳感，导致盆腔进一步充血，从而加重肚子疼和腰疼的症状。