自然流产是指妊娠不足28周、胎儿体重不足1000g而终止妊娠者，据统计，临床上约15%~20%的妊娠会发生自然流产。
染色体异常导致
胚胎染色体异常：约50%~60%的自然流产是由于胚胎染色体异常引起的，包括数目异常和结构异常。例如三体综合征，如13-三体、18-三体、21-三体等，这些异常往往会导致胚胎发育异常，难以存活而发生流产。父母染色体异常：父母双方任何一方的染色体存在平衡易位等结构异常时，也可能传递给胚胎，从而增加自然流产的风险。比如平衡易位携带者，他们自身可能表型正常，但生育时产生的配子染色体异常概率较高，容易导致胚胎流产。
母体因素影响
内分泌失调：甲状腺功能异常就是常见的影响因素之一，甲状腺功能减退时，体内甲状腺激素水平降低，会影响胚胎的正常发育，增加自然流产的发生几率。研究表明，临床甲减患者自然流产率可高达26%~45%。另外，黄体功能不全也是重要原因，黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要，黄体功能不全时孕酮分泌不足，不能满足胚胎着床和发育的需求，容易引发流产。生殖器官异常：子宫畸形如纵隔子宫、双角子宫等，会影响胚胎的着床和发育空间，导致流产。子宫肌瘤尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎生长，增加流产风险。宫颈机能不全也是原因之一，妊娠中晚期，宫颈口无法维持正常的张力，导致胎儿排出，引发晚期自然流产。
免疫因素作祟
自身免疫性疾病：系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病患者，体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎组织，影响胚胎的正常发育，从而导致自然流产。患者体内的抗磷脂抗体综合征就是常见的与自然流产相关的自身免疫性疾病表现，抗磷脂抗体可干扰胎盘的血液循环，使胎盘缺血缺氧，影响胚胎营养供应，引发流产。同种免疫异常：母胎免疫耐受失衡也会导致自然流产。母体对胚胎作为“半同种移植物”不能产生正常的免疫耐受，免疫系统将胚胎识别为异物进行攻击，从而引发流产。例如封闭抗体缺乏时，母体不能产生足够的封闭抗体来保护胚胎，就容易发生自然流产。