紧急避孕药和短效避孕药在用途、服用时间和副作用等方面有区别。紧急避孕药一般是在无防护性生活或避孕失败后72~120小时内服用，起到紧急避孕作用，有效率约85%；而短效避孕药需要连续服用，一般从月经来潮第1天开始服用，连服21天，然后停药7天，接着开始下一个周期，避孕有效率可达99%以上。
用途方面
紧急避孕药：主要是用于无防护性生活或避孕失败后的补救措施，不能作为常规避孕方法。比如性生活时未采取避孕措施，或者避孕套破裂、滑脱等情况后，可服用紧急避孕药来防止意外怀孕。短效避孕药：是常规的避孕方法，通过抑制排卵、改变宫颈黏液性状等多环节来达到避孕目的。女性规律服用短效避孕药，避孕效果较好。
服用时间方面
紧急避孕药：需在无防护性生活或避孕失败后72小时内尽早服用，而且只对一次无防护性生活有效，再次无防护性生活还需要重新用药。短效避孕药：有固定的服用周期，一般从月经来潮第1天开始服用，每天服用1片，连续服用21天为一个周期，然后停药7天，接着开始下一个周期的服用。如果漏服，可能会影响避孕效果，还可能导致不规则阴道出血。
副作用方面
紧急避孕药：副作用相对较大，可能会引起恶心、呕吐、不规则子宫出血、月经紊乱等。比如服用后约有50%的人会出现恶心症状，一般症状较轻，不超过24小时；月经紊乱表现为服药后当月的月经提前或延期。而且紧急避孕药激素剂量大，一年内服用最好不超过3次。短效避孕药：副作用相对较小，常见的可能有类早孕反应，如恶心、头晕、乏力等，一般较轻微，随着服药时间延长会逐渐减轻；对月经影响较小，还可能使月经变得规律，经量减少，痛经减轻等。不过，少数人可能会出现体重增加、色素沉着等情况，但发生率较低。