大便有出血且肛门疼时，应前往结直肠肛门外科或肛肠外科进行检查，以明确导致大便出血伴肛门疼痛的具体原因，并依据不同疾病采取不同处理方式，常见疾病包括：
一、痔疮：
1.痔疮出血并伴有肛门疼痛，可使用痔疮膏和痔疮栓进行治疗，如马应龙痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏、复方角菜酸酯栓等。
2.痔疮出血还可口服地奥司明、迈之灵来减轻静脉曲张和水肿，从而降低出血情况。
二、肛裂：若为陈旧性肛裂，则可能需要手术治疗。
三、肛门肌肉问题：
1.肛门肌肉若存在痉挛或失弛缓的状况，可能需要在肛门周围进行肉毒素注射或开展肛门解痉治疗。
四、肿瘤：
1.直肠和肛门肿瘤，比如直肠下端的直肠癌或肛管癌等，或许需要手术治疗。
2.如果肿瘤处于晚期无法手术，则可能需要放疗或化疗等。
五、脓肿：直肠壁内脓肿、肛门周围脓肿引发的破溃、出血，此时可能也需要进行手术和引流等治疗。
总之，当出现大便出血伴肛门疼痛的症状时，要及时就医明确原因，并根据具体疾病情况进行针对性治疗。