一觉醒来耳朵疼可能有以下原因：一是挤压耳廓，二是中耳炎，三是急性外耳道炎。
一、挤压耳廓：往往是睡觉时长时间保持一侧卧位，对耳廓造成持续挤压导致。如果是这种情况，在晨起后对耳部进行按摩，疼痛通常会有明显好转。所以平时要注意睡觉姿势，避免长时间挤压耳廓。
二、中耳炎：若近期有过咽喉疼痛等病史，则很可能是上呼吸道感染时，细菌或病毒通过咽鼓管咽口进入中耳，从而引发中耳炎。此时可以使用阿莫西林胶囊、黄连上清片等药物进行治疗，同时要注意多饮水，避免食用辛辣食物。
三、急性外耳道炎：如果是急性外耳道炎引起的，建议进行耳内镜检查。如果有耵聍等情况，要清理外耳道内的分泌物。可口服消炎药，如利君沙、甲硝唑、牛黄解毒片等，也可应用氧氟沙星滴耳液滴耳进行治疗。这通常是由于上火局部炎症导致的上述症状，建议积极服用药物并对症治疗，一般很快就会好转。
总之，一觉醒来耳朵疼可能由多种原因引起，需要根据具体情况进行判断和治疗。