肛瘘主要是由肛周脓肿发展而来的，约90%的肛瘘是因肛周脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。比如肛周脓肿发生后，若没有得到彻底有效的治疗，感染病灶持续存在，就容易形成肛瘘。
肛周脓肿未规范治疗引发
肛周脓肿未及时手术：当肛门直肠周围发生感染形成脓肿时，如果没有在早期及时进行手术切开引流，让脓液充分排出，感染就会持续，细菌会不断破坏周围组织，慢慢就会形成肛瘘。一般肛周脓肿发病后1个月内若不妥善处理，发展成肛瘘的概率会明显增加。肛周脓肿切开引流不当：如果肛周脓肿切开引流时，手术操作不准确，没有找到内口，或者引流不彻底，也容易导致肛瘘形成。比如切开的口子太小，脓液引流不净，就会使感染灶残留，进而引发肛瘘。
直肠肛门损伤导致
外伤引起：肛门部位受到外伤，像异物刺伤、肛门指检时操作粗暴等，都可能使肠道细菌进入组织，引发感染，进而形成肛瘘。比如不小心被尖锐物体刺伤肛门周围，就有感染形成肛瘘的风险。医源性损伤：在一些肛肠相关的医疗操作中，如肠镜检查时操作不当造成肠道黏膜损伤，或者痔疮手术过程中处理不当，都可能导致肛门直肠周围感染，最终形成肛瘘。例如痔疮手术中若损伤了周围组织，且术后护理不佳，就容易引发感染形成肛瘘。
特异性炎症影响
克罗恩病：这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，会累及肠道各部位。当累及肛门直肠时，容易出现溃疡、脓肿等情况，进而发展为肛瘘。据统计，约10% - 20%的克罗恩病患者会并发肛瘘。溃疡性结肠炎：肠道长期处于炎症状态，炎症会向周围组织蔓延，也可能引发肛周感染，最终形成肛瘘。溃疡性结肠炎患者发生肛瘘的概率比一般人群要高不少，而且病情较重时肛瘘也更难治疗。