肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的。据统计，约有一半以上的肛瘘患者是因肛管直肠周围脓肿没有得到及时有效的治疗，脓液自行破溃或切开引流后形成的。
肛周感染引发
肛腺感染： 肛腺位于肛管直肠交界处，开口于肛窦。肛窦易受粪便污染引发感染，感染可蔓延至肛腺，导致肛腺炎，进而向周围组织扩散形成肛瘘。例如，长期便秘或腹泻的人，肛窦更容易受损感染，增加肛瘘风险。直肠肛管损伤： 外伤、吞咽骨头或异物等导致直肠肛管损伤，细菌侵入损伤部位引发感染，若感染反复发作，也可能形成肛瘘。比如，有过肛门外伤史的人，后续患肛瘘的几率相对较高。
特异性炎症影响
结核杆菌感染： 结核杆菌可侵袭肛门直肠部位，引起结核性肛瘘。这类肛瘘通常病程较长，症状相对隐匿，且治疗起来相对复杂。患者可能同时伴有低热、盗汗、乏力等结核中毒症状。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位，当累及肛管直肠时，容易并发肛瘘。其特点是肛瘘反复发作，不易愈合，且常伴有腹痛、腹泻等肠道症状。
其他因素相关
免疫力低下： 患有糖尿病、艾滋病等疾病的人，身体免疫力较低，容易受到细菌等病原体的侵袭，从而增加肛瘘的发生几率。比如，糖尿病患者血糖控制不佳时，局部抗感染能力下降，更容易引发肛周感染并发展为肛瘘。不良生活习惯： 长期久坐、不爱运动的人，肛周血液循环不畅，局部抵抗力下降，容易发生感染。另外，不注意肛门卫生，粪便残留刺激肛门周围皮肤，也可能诱发肛瘘。例如，一些办公室久坐族，就相对更易患上肛瘘。