三个月宝宝早上鼻塞可能由以下原因引起：
1.环境因素：室内温度过低或干燥，导致宝宝的鼻腔黏膜干燥、充血，从而引起鼻塞。此外，空气中的灰尘、花粉、烟雾等污染物也可能刺激宝宝的鼻腔，引起鼻塞。
2.过敏：宝宝对某些物质过敏，如尘螨、花粉、动物毛发等，也可能导致鼻塞。此外，宝宝食用了过敏食物，如牛奶、鸡蛋、海鲜等，也可能引起过敏反应，导致鼻塞。
3.呼吸道感染：宝宝呼吸道感染，如感冒、流感等，可能导致鼻腔黏膜充血、肿胀，从而引起鼻塞。此外，宝宝患有鼻炎、鼻窦炎等疾病，也可能引起鼻塞。
4.鼻腔结构异常：宝宝的鼻腔结构异常，如鼻中隔偏曲、鼻甲肥大等，也可能导致鼻塞。
5.其他：宝宝腺样体肥大、鼻腔异物等也可能引起鼻塞。
针对三个月宝宝早上鼻塞的问题，可以采取以下解决方法：
1.保持室内温度和湿度适宜：室内温度最好保持在22℃-24℃，湿度保持在50%-60%。可以使用加湿器增加室内湿度，或者在房间里放一盆水。
2.清理鼻腔：使用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，软化和稀释鼻腔分泌物，然后使用吸鼻器吸出分泌物。注意不要用手挖宝宝的鼻孔，以免损伤鼻腔黏膜。
3.调整宝宝体位：将宝宝竖着抱起来，或者让宝宝侧身睡觉，有助于缓解鼻塞。
4.按摩鼻部：用手指轻轻按摩宝宝的鼻部，促进血液循环，缓解鼻塞。
5.注意饮食：如果宝宝是过敏体质，需要注意饮食，避免食用过敏食物。
6.就医治疗：如果宝宝鼻塞症状严重，或者伴有发热、咳嗽等症状，需要及时就医，明确病因，进行针对性治疗。
需要注意的是，三个月宝宝的身体比较娇嫩，家长在处理宝宝鼻塞问题时，需要注意方法和安全。如果宝宝鼻塞症状持续时间较长，或者伴有其他异常症状，建议及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。