小孩扁桃体发炎且发烧39℃属于高烧，必须积极开展对症处理，涵盖物理降温和药物处理，以避免病情延误导致不良后果。
一、物理降温：
小孩扁桃体发炎伴发烧39℃，若不实施退烧处理，可能对大脑、心脏等重要器官造成不良影响。可运用物理降温法，如用毛巾包裹冰袋放置在颈部、腹股沟、腋窝等身体大血管经过处，或进行温水擦浴，还可使用退热贴等，以此发挥降温作用。
二、药物处理：
1.退热处理：小孩扁桃体发炎发烧39℃，在物理降温同时，可采用药物退热，比如口服对乙酰氨基酚混悬滴剂，或在肛门使用小儿退热栓，但6岁以下小孩慎用小儿退热栓，以促使体温尽快下降，防止惊厥等情况出现。
2.抗炎处理：小孩扁桃体发炎发烧39℃主要源于炎症，需从根本上消除炎症反应才能解决发烧症状。可口服抗生素如阿莫西林胶囊，若口服抗生素效果不佳，则需静脉输液抗生素如注射用头孢呋辛钠，不过不建议3个月以下小孩使用注射用头孢呋辛钠。
3.局部消炎：可采用生理盐水等进行漱口，及时清理扁桃体及咽部的炎症分泌物，减轻局部黏膜炎症，对小孩退烧起到辅助作用。
总之，对于小孩扁桃体发炎高烧的情况，要及时采取有效的处理措施，包括合理运用物理降温和药物处理，同时针对炎症进行抗炎治疗和局部消炎处理，以保障小孩健康。