男性生殖器疱疹主要通过抗病毒药物来控制，常用的有阿昔洛韦等。一般来说，发病后及时用药可以缩短病程。
常用抗病毒药物
阿昔洛韦：属于核苷类抗病毒药物，能干扰病毒DNA合成，从而抑制疱疹病毒复制。可口服，也有外用剂型。伐昔洛韦：是阿昔洛韦的前体药物，口服后在体内转化为阿昔洛韦发挥作用，生物利用度比阿昔洛韦高，服用相对方便，疗效也较好。
日常护理要点
保持局部清洁：要每天用清水清洗生殖器部位，保持干燥，避免细菌滋生加重感染。清洗时动作要轻柔，防止损伤皮肤。避免搔抓：患病部位可能会有瘙痒感，但一定要忍住，不能用手搔抓，以免抓破水疱引起继发感染，导致病情加重或留下疤痕。
生活方式调整
注意休息：患病期间要保证充足的睡眠，让身体有足够的能量来对抗病毒。一般建议每天保证7~8小时的睡眠时间。避免性生活：在疱疹发作期要避免性生活，防止将病毒传染给性伴侣，同时也利于自身病情恢复，待病情稳定后，如有性生活最好使用安全套。
特殊情况处理
频繁复发者：如果男性生殖器疱疹频繁复发，一年发作6次以上，可以在医生评估后进行抑制疗法，长期小剂量服用抗病毒药物，如每天服用阿昔洛韦等，能减少复发次数。孕妇患者：孕妇感染生殖器疱疹需要特别谨慎，要及时就医，医生会根据孕周等情况选择合适的治疗方案，因为孕妇用药需要考虑对胎儿的影响。