克山病的病因尚未完全明确，目前认为可能与多种因素有关。首先，硒元素缺乏被认为是重要因素之一，有研究显示，克山病病区人群血硒、发硒水平明显低于非病区，一般病区人群血硒多在0.07~0.15μmol/L，而非病区可达到0.15~0.25μmol/L。
一、营养因素相关
膳食中营养失衡： 长期单一的饮食结构可能导致人体缺乏某些必需的营养成分。比如，长期以玉米、高粱等为主食的地区，可能存在蛋白质、维生素等摄入不足的情况。蛋白质是身体重要的组成部分，缺乏蛋白质会影响身体的正常代谢和功能，可能与克山病的发生有关。维生素中的维生素E等抗氧化物质缺乏时，身体抗氧化能力下降，心肌细胞容易受到损伤。微量元素失衡： 除了硒元素外，其他微量元素的失衡也可能参与克山病的发生。例如，钼元素的代谢异常可能影响人体的一些生理过程。有研究发现，克山病病区土壤中的钼含量与非病区不同，土壤钼含量低可能导致植物中钼含量降低，进而影响人体对钼的摄取，从而影响相关酶的活性，影响心肌的正常功能。
二、生物感染因素相关
病毒感染： 某些病毒感染可能与克山病的发生有关。例如，柯萨奇病毒、埃可病毒等。这些病毒可能通过直接损伤心肌细胞，或者引发人体的免疫反应，导致心肌炎症等病变。研究发现，在克山病患者的心肌组织中有时能检测到相关病毒的核酸序列，提示病毒感染可能是克山病的诱因之一。病毒感染后，会在心肌细胞内复制，破坏心肌细胞的结构和功能，影响心脏的正常收缩和舒张功能。细菌感染： 一些细菌感染也可能间接与克山病相关。例如，某些肠道细菌感染后，可能引起人体的免疫紊乱，导致心肌受到牵连。肠道细菌感染后，细菌产生的毒素等物质可能进入血液循环，影响心肌细胞的代谢和功能。而且，肠道细菌感染可能破坏肠道的屏障功能，使一些有害物质更容易进入血液，进一步损伤心肌。
三、地理环境因素相关
地理环境中的化学物质： 病区的水土中可能存在一些对人体有害的化学物质。比如，某些地区的水中可能含有过量的硫酸盐、碳酸盐等。长期饮用这种水，这些化学物质进入人体后，可能干扰人体的正常代谢。另外，土壤中的一些重金属元素含量异常也可能影响人体健康。例如，某些地区土壤中镉含量较高，镉进入人体后会在体内蓄积，对心肌细胞产生毒性作用，影响心肌的正常生理功能，增加克山病的发病风险。气候因素： 克山病的发病可能与气候的变化有关。在一些寒冷的季节，克山病的发病率可能相对较高。寒冷刺激可能导致人体血管收缩，影响心肌的血液供应。而且，寒冷环境下人体的代谢率变化等也可能影响心肌的功能，使心肌更容易受到损伤，从而增加克山病的发病几率。