克山病的病因尚未完全明确，目前认为可能与多种因素有关。一般认为，克山病可能是由于环境中硒元素缺乏等因素引起的。有研究显示，克山病病区土壤、水和粮食中硒含量明显低于非病区。
硒元素缺乏相关因素
土壤硒含量低： 在克山病的高发地区，土壤中的硒元素含量普遍较低。土壤中的硒通过食物链传递给人体，当土壤硒含量不足时，粮食等农作物中硒的摄取量就会减少，人体长期处于硒摄入不足的状态，就可能增加患克山病的风险。粮食硒含量低： 由于病区土壤硒含量低，种植出的粮食中硒含量也相应较低。人们长期食用硒含量低的粮食，会使身体硒储备不足，影响机体的正常代谢等功能，从而与克山病的发生相关。
病毒感染相关因素
柯萨奇病毒感染： 有研究发现，克山病发病地区可能存在柯萨奇病毒的感染流行情况。柯萨奇病毒可以侵犯心肌，引起心肌细胞的损伤和功能异常。例如，柯萨奇病毒B组的某些亚型可能在克山病的发病过程中起到一定作用，病毒感染可能诱发心肌的炎症反应等，进而导致克山病的发生。其他病毒感染： 除柯萨奇病毒外，其他一些病毒如埃可病毒等也可能与克山病的发病有一定关联。这些病毒感染人体后，可能通过直接损伤心肌细胞或者引发机体的免疫反应，间接对心肌造成损害，增加患克山病的可能性。
营养失衡相关因素
蛋白质等营养物质不均衡： 在克山病病区，人们的饮食结构可能存在问题，导致蛋白质等营养物质摄入不均衡。长期蛋白质摄入不足会影响心肌细胞的正常修复和更新等功能。例如，心肌细胞需要足够的蛋白质来维持其结构和功能的完整性，当蛋白质摄入不足时，心肌细胞容易受损，可能引发类似克山病的心肌病变。维生素摄入不足： 维生素对于心肌的正常功能维持也很重要，如维生素E等具有抗氧化作用，能保护心肌细胞免受氧化损伤。如果病区人群维生素摄入不足，就可能影响心肌的抗氧化防御机制，使心肌更容易受到损伤，进而与克山病的发生相关。