小孩长不高的原因有多种，其中遗传因素占比较大，如果父母身高偏矮，孩子身高可能受遗传影响，一般遗传因素导致的身高差异约占70% - 80%。
营养因素：
膳食不均衡： 如果小孩日常饮食中蛋白质、钙、维生素D等营养物质摄入不足，就会影响长高。比如蛋白质是身体生长的重要原料，孩子每天需要从食物中获取足够的优质蛋白，像瘦肉、鱼类、蛋类等，如果长期摄入不够，就会阻碍生长。维生素D缺乏： 维生素D能促进钙的吸收，小孩体内维生素D不足时，即便摄入了足够的钙，也不能很好地被吸收利用，从而影响骨骼发育，导致长不高。一般建议孩子每天要有适量的户外活动，以合成足够的维生素D。
疾病因素：
内分泌疾病： 常见的有生长激素缺乏症，是由于垂体分泌生长激素不足引起的，这种情况会使孩子生长速度明显减慢，每年身高增长低于5厘米。还有甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会影响孩子的生长发育和新陈代谢，导致身材矮小、生长缓慢。慢性疾病： 一些慢性疾病也会影响小孩长高，比如先天性心脏病、慢性肾病等。像慢性肾病患儿，由于肾脏功能受损，会影响体内激素代谢和营养物质的吸收，进而阻碍生长。
睡眠因素：
睡眠不足： 生长激素在睡眠时分泌旺盛，尤其是深度睡眠时分泌量最多。小孩如果长期睡眠不足，比如每天睡眠时间少于8 - 10小时，就会影响生长激素的分泌，从而影响身高增长。例如，学龄儿童每天应保证9 - 11小时的睡眠时间，若经常熬夜，就可能阻碍长高。睡眠质量差： 睡眠环境不佳、经常做噩梦等导致睡眠质量差的情况，也会干扰生长激素的正常分泌，进而影响孩子长高。