小孩长不高的原因有多种。一般来说，遗传因素是重要原因之一，如果父母身高偏矮，小孩遗传矮身材的概率会增加，据统计，约70% - 80%的身高变异由遗传决定。
营养因素
饮食不均衡： 如果小孩长期挑食、偏食，就容易导致营养摄入不足。比如缺乏蛋白质，蛋白质是身体生长的重要物质基础，长期缺乏会影响身高增长；还有钙、磷等矿物质摄入不够，钙是骨骼发育的关键元素，小孩每天需要保证足够的钙摄入，一般建议4 - 10岁儿童每天钙摄入量为800毫克，11 - 18岁为1000毫克，缺乏钙会影响骨骼的正常生长。营养过剩： 相反，如果小孩过度肥胖，也可能影响身高。因为肥胖可能会导致内分泌紊乱，影响生长激素的分泌等，从而阻碍长高。
疾病因素
内分泌疾病： 常见的有生长激素缺乏症，这是由于垂体分泌生长激素不足引起的，会使小孩身高增长缓慢，每年身高增长通常低于5厘米。还有甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会影响小孩的生长发育，不仅身高增长受影响，还会伴有智力发育迟缓等表现。慢性疾病： 像先天性心脏病、慢性肾病等慢性疾病也会影响小孩的生长。例如慢性肾病患儿，由于疾病导致身体代谢紊乱、营养吸收障碍等，会阻碍身高的正常增长。
睡眠因素
睡眠不足： 小孩的生长激素在夜间睡眠时分泌旺盛，尤其是深睡眠期分泌量最多。如果小孩长期睡眠不足，比如1 - 3岁儿童每天需要睡眠12 - 14小时，4 - 6岁需要11 - 13小时，7 - 12岁需要10 - 12小时，长期睡眠不足会影响生长激素的分泌，进而影响身高增长。睡眠质量差： 睡眠环境不佳等因素导致小孩睡眠质量差，也会对身高产生不利影响，因为良好的睡眠质量才能保证生长激素的正常分泌和发挥作用。