肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，据统计，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未规范处理： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果脓肿没有得到及时、彻底的治疗，比如脓肿自行破溃后，破溃口或引流口长时间不愈合，就容易形成肛瘘。脓肿内部的感染病灶持续存在，炎症反复刺激，使得肛周组织形成纤维化的管道，也就是肛瘘的瘘管。脓肿位置与肛瘘类型相关： 肛周脓肿发生的位置深浅不同，形成的肛瘘类型也有差异。低位肛周脓肿形成的肛瘘相对简单些，而高位肛周脓肿形成的肛瘘往往比较复杂，瘘管可能会穿过较多的肛管直肠肌肉组织。
肛门损伤导致肛瘘
外伤引起感染： 肛门部位受到外伤，比如意外撞击、异物损伤等，若损伤后没有做好清洁消毒，细菌容易侵入伤口并引发感染。如果感染没有得到有效控制，逐步蔓延，就可能形成肛瘘。例如，有患者因骑跨伤导致肛门局部受伤，之后出现感染，最终发展为肛瘘。医源性损伤： 在一些医疗操作过程中，也可能导致肛瘘。比如直肠指诊、肠镜检查等操作时，如果用力不当造成肛门直肠组织损伤，或者是肛瘘手术时操作不当，处理不精细，都有可能引起感染，进而形成肛瘘。
肠道疾病诱发肛瘘
溃疡性结肠炎： 患有溃疡性结肠炎的患者，肠道内的炎症会持续刺激肛管直肠部位。长期的炎症环境使得肛周组织容易发生感染，增加了肛瘘的发病风险。研究发现，溃疡性结肠炎患者发生肛瘘的概率比正常人要高不少。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，病变可累及肠道各部位，也会影响到肛周。肠道内的炎症会导致肛周出现溃疡、脓肿等病变，进而发展为肛瘘。克罗恩病引起的肛瘘往往比较难治疗，容易反复发作。