双侧乳腺囊性增生的严重程度需综合多方面判断。生理性或症状较轻的通常不严重，调整心态、定期复查即可；症状明显的则较为严重，需药物治疗；有恶变趋势的最为严重，要及时手术。
一、不严重：
1.生理性的：孕期或月经期女性可能出现生理性单纯性乳腺上皮增生症，特殊阶段过后会逐渐消失。
2.症状较轻的病理性：月经期后乳房胀痛减轻，肿块逐渐变软、消退。这两种情况只需定期复查，对机体影响不大，不算严重。
二、较为严重：若乳房疼痛严重影响日常生活，且乳房肿块、胀痛等症状无缓解趋势，就需要及时遵医嘱药物治疗以改善胀痛症状，这种情况下双侧乳腺囊性增生可能较严重。
三、严重：月经前后变化不明显、肿块边界较明显、年龄较大、乳腺囊性增生明显，以及病理检查显示高度不典型上皮增生等人群，相对严重，恶变可能性较大，需及时进行乳房肿块切除术，防止病情加重。
总之，双侧乳腺囊性增生的严重程度不能一概而论，要根据具体情况判断，并采取相应的措施。