病毒性腹泻与细菌性腹泻可通过多种方面辨别。一般来说，病毒性腹泻多由轮状病毒等引起，病程相对有一定自限性，通常持续3 - 7天左右；而细菌性腹泻往往由志贺菌、大肠杆菌等细菌感染导致。
病因方面
病毒性腹泻：常见的引发病毒性腹泻的病毒有轮状病毒，多见于婴幼儿，常通过粪 - 口途径传播，在秋冬季节高发；诺如病毒也是常见的引起病毒性腹泻的病毒，可在学校、幼儿园、医院等人群聚集场所暴发流行，传播途径包括污染的食物、水等。细菌性腹泻：细菌性腹泻的致病菌种类较多，比如痢疾杆菌引起的细菌性痢疾，主要通过食用被污染的食物传播；大肠杆菌感染也较为常见，当人体食用了被产毒大肠杆菌污染的食物后容易发病，像一些未煮熟的肉类、污染的蔬菜等都可能成为传染源。
症状表现
病毒性腹泻：起病一般较急，多数患者先出现呕吐症状，随后出现腹泻，大便多为水样或蛋花汤样，次数较多，每天可达数次至十余次，一般全身症状相对较轻，可能有低热情况。例如轮状病毒腹泻，婴幼儿感染后除了腹泻、呕吐外，可能伴有流涕、咳嗽等上呼吸道症状。细菌性腹泻：症状相对多样，通常腹泻伴有腹痛，腹痛部位多在脐周或下腹部，大便往往有黏液、脓血，比如痢疾患者的大便多为脓血便，还可能伴有发热，体温多在38℃以上，甚至可高达39℃ - 40℃，全身症状相对较重，可能出现乏力、食欲减退等情况。
实验室检查
粪便常规检查：
- 病毒性腹泻：粪便常规可见白细胞正常或减少，红细胞一般无，大便轮状病毒抗原检测可呈阳性等。例如轮状病毒腹泻患者的粪便镜检，白细胞数量通常不多。
- 细菌性腹泻：粪便常规检查可见白细胞增多，还可能有红细胞，粪便培养可检出相应的致病菌。比如细菌性痢疾患者的粪便培养能分离出痢疾杆菌。
血常规检查：
- 病毒性腹泻：血常规中白细胞计数多正常或降低，淋巴细胞比例可能相对升高。
- 细菌性腹泻：血常规中白细胞计数多升高，中性粒细胞比例增高，提示有细菌感染的炎症反应。