肝功能异常通常是由多种因素引起的。比如病毒性肝炎就是常见原因之一，像乙型肝炎病毒感染，据统计全球约有2.57亿慢性乙肝感染者。
一、感染因素
病毒感染： 除了乙肝病毒，丙肝病毒感染也会导致肝功能异常。丙型肝炎呈全球性流行，可导致肝脏慢性炎症坏死和纤维化，部分患者可发展为肝硬化甚至肝细胞癌。此外，巨细胞病毒、EB病毒等感染也可能引起肝功能短暂或持续异常。细菌感染： 某些细菌感染如伤寒杆菌感染，可能引发中毒性肝炎，进而影响肝功能，出现转氨酶升高等情况。
二、药物因素
常见肝损伤药物： 一些抗生素可能导致肝功能异常，比如异烟肼，它在使用过程中约有10% - 20%的患者会出现无症状的转氨酶升高，少数人可能出现黄疸等明显肝功能异常表现。还有抗癫痫药如苯妥英钠，也可能对肝脏有损害，引起肝功能指标异常。药物代谢差异： 不同个体对药物的代谢能力不同，即使按照常规剂量使用药物，部分人也可能因为自身代谢酶的问题出现肝功能异常。比如某些本身有基础肝病的患者，使用一些普通药物也更容易诱发肝功能异常。
三、酒精因素
酒精性肝损伤机制： 长期大量饮酒是导致肝功能异常的重要原因。酒精进入人体后主要在肝脏代谢，乙醇在肝细胞内经过乙醇脱氢酶等作用转化为乙醛，乙醛对肝细胞有直接毒性作用，会损伤肝细胞的结构和功能，引起肝细胞变性坏死，进而导致肝功能异常，严重的会发展为酒精性肝炎、肝硬化等。一般来说，男性每日饮酒量超过40克酒精（相当于500毫升啤酒或100毫升白酒），女性超过20克酒精，连续5年以上就容易引发酒精性肝病相关的肝功能异常。
四、自身免疫因素
自身免疫性肝炎： 这是一种由自身免疫反应介导的慢性进行性肝脏炎症性疾病。患者体内免疫系统错误地攻击自身肝细胞，导致肝细胞受损，出现肝功能异常，表现为转氨酶升高、胆红素升高等，还可能伴有乏力、黄疸、腹痛等症状，多见于女性，发病年龄多在10 - 30岁和40 - 60岁两个年龄段。其他自身免疫病相关肝损伤： 像原发性胆汁性胆管炎，是一种自身免疫介导的慢性胆汁淤积性肝病，主要累及肝内小胆管，导致胆汁淤积，进而引起肝功能异常，患者会出现瘙痒、乏力、黄疸等表现，好发于中年女性。