跑步时膝盖疼可能由运动量过大、扭伤、急性滑膜炎等原因导致，患者可通过热敷、药物治疗、手术治疗等方式来处理，且治疗前务必遵医嘱。具体如下：
一、运动量过大：如果平时很少跑步的人突然进行剧烈跑步，就可能引发膝盖疼现象。这属于正常反应，跑完步后可适当休息，也可用热毛巾热敷局部以帮助缓解。
二、扭伤：若跑步时所穿鞋子不合脚，可能出现扭伤膝盖而导致疼痛。如果疼痛症状稍严重些，患者可遵医嘱使用硫酸氨基葡萄糖胶囊、大活络胶囊、氯诺昔康片等药物进行治疗。
1.硫酸氨基葡萄糖胶囊：具有营养关节软骨等作用。
2.大活络胶囊：有祛风止痛等功效。
3.氯诺昔康片：可起到抗炎镇痛的效果。
三、急性滑膜炎：若患者一次性跑步过度，还有可能诱发急性滑膜炎，进而产生关节疼痛。必要时患者可在医生指导下选择关节镜下行滑膜切除术、截骨术、关节融合术等方式治疗。
(1)滑膜切除术：可切除病变滑膜。
(2)截骨术：能改变关节力线等。
(3)关节融合术：使关节融合固定。
此外，还可能是慢性损伤等原因，患者也可通过针灸、按摩等方式进行治疗，效果通常较好。
总之，跑步膝盖疼的原因多样，治疗方法也各有不同，应根据具体情况选择合适的方式进行处理。