肛门有水泡可能是由皮肤过敏、单纯疱疹、肛周脓肿等因素导致的，需要到医院详细检查后针对病因进行治疗，不可盲目自行处理。
一、皮肤过敏：若自身为过敏体质，接触过敏原后，局部易发生变态反应，出现毛细血管扩张，血浆渗透到皮肤下会形成水泡。治疗上通常可服用抗过敏药物，如盐酸西替利嗪片、氯雷他定片等。
1.盐酸西替利嗪片：可缓解过敏引起的各种症状。
2.氯雷他定片：能有效减轻过敏反应。
二、单纯疱疹：一般是肛门处感染导致的单纯性疱疹，多由病毒感染引起，会使肛门出现水泡。可在医生指导下使用抗病毒药物进行治疗，如阿昔洛韦、泛昔洛韦等。
1.阿昔洛韦：对单纯疱疹病毒有较好的抑制作用。
2.泛昔洛韦：能有效对抗病毒感染。
三、肛周脓肿：会导致局部皮肤有较深水泡，且可能出现脓肿面积扩大或溃疡等情况。若自身症状较为严重，需采取切开引流手术治疗。
总之，当发现肛门有水泡时，应及时就医明确原因，并在医生指导下选择合适的治疗方法，以促进康复。