功能性消化不良可使用促胃肠动力药，如多潘立酮；抑酸药，包括H₂受体拮抗剂（如雷尼替丁）和质子泵抑制剂（如奥美拉唑）；还有助消化药，像复方消化酶制剂等。
促胃肠动力药
促胃肠动力药能增强胃肠道蠕动，促进胃排空，改善消化不良症状。适用于以早饱、腹胀等症状为主的患者。
抑酸药
H₂受体拮抗剂可抑制胃酸分泌，缓解因胃酸过多引起的烧心、反酸等不适；质子泵抑制剂抑酸作用更强且持久，对胃酸分泌过多导致的功能性消化不良有较好疗效，尤其适用于有明显反酸、烧心等症状者。
助消化药
复方消化酶制剂等助消化药能补充消化酶，帮助消化食物，改善消化不良引起的腹胀、食欲不振等情况，可用于消化功能较弱的功能性消化不良患者。特殊人群方面，儿童使用促胃肠动力药需谨慎，应在医生指导下进行；老年人使用抑酸药时要注意药物相互作用及可能出现的不良反应；有基础病史的患者使用相关药物前需告知医生自身病史，以便医生综合评估用药安全性和合理性。