胚胎停育两次可能由多种因素导致。一般来说，染色体异常是常见原因之一，约50% - 60%的早期胚胎停育与胚胎染色体异常有关，包括数目异常和结构异常。
一、母体因素
内分泌因素： 如黄体功能不全，女性黄体期分泌孕酮不足，会影响胚胎着床和发育，有研究显示，黄体功能不全的女性胚胎停育发生率比正常女性高。甲状腺功能异常也不容忽视，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎发育，甲状腺功能减退时，机体代谢减缓，会影响胚胎的正常生长环境。自身免疫性疾病： 像系统性红斑狼疮，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应，从而导致胚胎停育。抗磷脂综合征也是常见的自身免疫性相关因素，体内的抗磷脂抗体可引起血管内皮损伤，使胎盘血管血栓形成，阻碍胚胎营养物质的传递。
二、子宫因素
子宫解剖结构异常： 子宫畸形较为常见，比如纵隔子宫，宫腔内的纵隔会影响胚胎的着床空间和生长环境，降低胚胎着床率和发育潜能。子宫肌瘤也可能是隐患，如果肌瘤位于黏膜下，会直接影响宫腔内环境，阻碍胚胎种植；即使是肌壁间较大的肌瘤，也可能压迫宫腔，影响子宫血供。子宫内膜病变： 子宫内膜炎会破坏子宫内膜的正常结构和功能，炎性细胞和分泌物可能影响胚胎着床。子宫内膜薄也是一个问题，正常子宫内膜厚度需达到一定标准（一般8 - 12mm较适宜），太薄会使胚胎难以着床或着床后不稳定。
三、男方因素
精子质量问题： 精子染色体异常可导致胚胎染色体异常，进而引发胚胎停育。有研究发现，精子DNA碎片率过高时，胚胎停育的风险会增加，当精子DNA碎片率超过一定比例（如30%），胚胎停育的可能性明显升高。感染因素： 男性生殖系统的一些感染，如附睾炎、前列腺炎等，感染病原体可能通过精液影响胚胎，导致胚胎发育异常而停育。