停经50天B超看不到孕囊可能有以下原因：
一、未怀孕：停经并非绝对意味着怀孕，像多囊卵巢综合征、子宫肌瘤等疾病或更年期停经都可导致停经，而非怀孕，自然不会有孕囊。
二、生化妊娠：即形成了受精卵，但未正常发育，还未进入宫腔就排出体外，无法形成孕囊，多为偶发，可能与受精卵染色体异常有关，通常无需特殊治疗。
三、怀孕时间不准确：部分女性可能难以准确确定月经周期或排卵时间不确定，从而导致B超检查看不到孕囊。若确认怀孕时间不准确，可再等待一段时间后进行B超检查。
四、孕囊发育异常：正常妊娠时受精卵会在子宫内着床并发育成胚胎形成孕囊。然而有时因胚胎发育不良，可能导致孕囊未能正常形成或发育，致使B超检测不到。可再等待一段时间进行B超检查，必要时遵医嘱使用黄体酮胶囊、保胎丸等药物保胎。
五、异位妊娠：指受精卵着床在子宫以外的位置，通常为输卵管。此时B超可能无法检测到子宫内的孕囊，因为胚胎未在子宫内着床。异位妊娠可能引发剧烈腹痛、阴道流血等不适症状，一旦发现应尽早终止妊娠。
当出现这种情况，应在医生指导下完善相关检查，以明确病因并进行针对性处理。