小便时龟头疼痛可能由多种原因引起。比如尿道炎，这是比较常见的原因之一。一般来说，尿道炎分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎。淋菌性尿道炎通常是由淋病奈瑟菌感染导致，而非淋菌性尿道炎多由衣原体、支原体等感染引起。
尿道炎导致的情况
淋菌性尿道炎：主要是通过性接触传播，感染后会出现尿道脓性分泌物，排尿时龟头疼痛明显，还可能伴有尿频、尿急等症状。非淋菌性尿道炎：由衣原体、支原体感染所致，症状相对淋菌性尿道炎稍轻，也会有尿道瘙痒、轻微刺痛，小便时龟头疼痛等表现。
龟头炎引发的状况
细菌性龟头炎：多因不注意个人卫生，局部细菌滋生感染引起。会出现龟头红肿、疼痛，小便时刺激疼痛加剧，有时还可见龟头表面有脓性分泌物。霉菌性龟头炎：往往是因为滥用抗生素、长期使用激素等导致菌群失调，白色念珠菌等霉菌感染龟头。表现为龟头红斑、瘙痒、疼痛，小便时也会牵扯疼痛。
外伤造成的情形
性生活损伤：如果性生活过于激烈，可能会导致龟头局部损伤，小便时尿液刺激损伤部位就会引起疼痛。外力撞击：比如骑车时不小心碰撞到会阴部，或者受到其他外力撞击，也可能造成龟头损伤，从而在小便时出现疼痛。