小便时龟头疼痛可能由多种原因引起。比如尿道炎就可能导致这种情况，尿道炎是一种常见的泌尿系统感染，男性也可能患病。
一、尿道炎导致的龟头疼痛
淋菌性尿道炎： 由淋病奈瑟菌感染引起，多通过性接触传播。除了小便时龟头疼痛，还可能出现尿道脓性分泌物，发病一般在感染后2 - 10天左右。非淋菌性尿道炎： 主要由沙眼衣原体、生殖支原体等感染所致，症状相对淋菌性尿道炎较轻，可能有尿道刺痒、少量黏液性分泌物，小便时龟头也会有疼痛不适。
二、龟头炎引发的龟头疼痛
急性浅表性龟头炎： 多因局部摩擦、创伤或清洁剂刺激等引起。表现为龟头部位红肿、糜烂，小便时尿液刺激患处会导致疼痛。念珠菌性龟头炎： 由念珠菌感染引起，常见于糖尿病患者、长期使用广谱抗生素或皮质类固醇激素的人。龟头会出现红斑、丘疹，表面光滑，周边有小疱疹，小便时也会有疼痛感觉。
三、外伤导致的龟头疼痛
性生活损伤： 如果性生活中动作过于粗暴，可能会造成龟头局部的损伤，从而引起小便时龟头疼痛，这种情况一般有明确的性生活损伤史。外力撞击： 比如意外的碰撞等导致龟头受伤，也会出现小便时疼痛的情况，受伤部位通常有明显的外伤痕迹。