肾结石的形成是多种因素共同作用的结果。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出结晶，逐渐形成肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就可能引发肾结石。
代谢异常导致
尿液中成分比例失调： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加，或者枸橼酸、镁等抑制结石形成的物质排出量减少时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，就会使尿液中钙的浓度升高，增加肾结石形成风险。据研究，约有60%的肾结石患者存在钙代谢异常的情况。尿酸代谢紊乱： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会导致血尿酸升高，尿中尿酸排泄增加，当尿液中尿酸浓度过高时，就容易形成尿酸结石。一些患有痛风的患者，由于尿酸代谢紊乱，更容易并发尿酸结石。
局部因素影响
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，使尿液在肾脏内潴留，晶体物质容易沉积，从而促进肾结石形成。比如，先天性肾盂输尿管连接部狭窄、尿路结石等都可能引起尿路梗阻。有尿路梗阻的患者，发生肾结石的几率比正常人高2-3倍。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，进而形成结石。而且，感染产生的酶等物质还会改变尿液的酸碱度，有利于结石形成。例如，变形杆菌感染可使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙结石形成。
生活方式相关因素
饮水不足： 当人体饮水过少时，尿液会浓缩，导致尿液中晶体物质浓度升高，容易析出结晶形成结石。建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少结石形成风险。如果长期饮水不足，患肾结石的概率会明显增加。饮食不当： 高草酸饮食是肾结石形成的重要危险因素之一，比如长期大量摄入菠菜、苋菜、巧克力、坚果等富含草酸的食物，会使尿草酸排泄增加，容易形成草酸钙结石。另外，高嘌呤饮食也会增加尿酸结石风险，像动物内脏、海鲜、浓汤等富含嘌呤的食物，食用过多会使尿酸生成增多。还有，高盐饮食会增加尿钙排泄，也不利于预防肾结石。