肛瘘主要表现为肛周反复流脓、肿痛等症状。一般来说，肛瘘患者肛周会有一个或多个外口，间断或持续流出少量脓性、血性、黏液性分泌物，部分患者外口会暂时闭合，此时可出现局部肿痛，炎症消退后肿块可消退，之后外口再次破溃流脓，如此反复发作。
流脓情况
间歇性流脓：多数肛瘘会出现间歇性流脓现象，在发作期时，脓液量较多，可能呈脓性或血性，而在发作间期，流脓量会减少甚至暂时停止流脓。例如，有的患者每隔一段时间就会从肛瘘外口流出一些脓液，有时脓液量多能污染内裤，有时量少仅表现为肛周潮湿。脓液性质：脓液的性质会因肛瘘的类型不同而有所差异。单纯性肛瘘流出的脓液一般较稀薄，而复杂性肛瘘流出的脓液可能伴有坏死组织等，看起来更为浑浊。
肿痛表现
急性期肿痛明显：当肛瘘外口闭合时，会导致脓液积聚，引起局部肿痛，这种肿痛往往比较剧烈，患者能明显感觉到肛周部位的胀痛、跳痛等，严重时可影响行走和坐立。比如，有的患者肛瘘急性发作时，肛周肿胀明显，触碰疼痛加剧，坐卧不安。慢性期肿痛相对较轻：在肛瘘的慢性期，肿痛症状相对较轻，可能仅表现为肛周的轻度坠胀感或隐痛，但如果遇到诱因，如食用辛辣食物、过度劳累等，肿痛可能会加重。
瘙痒症状
肛周瘙痒：由于肛瘘流出的分泌物会刺激肛周皮肤，长期刺激可引起肛周皮肤瘙痒。患者会感觉肛周皮肤瘙痒难耐，忍不住搔抓，而搔抓又可能进一步损伤肛周皮肤，加重病情。例如，很多肛瘘患者会出现肛周皮肤因瘙痒而被抓破、发红的情况。皮肤改变：长期受分泌物刺激和搔抓影响，肛周皮肤可出现色素沉着、增厚、粗糙等改变，皮肤纹理变得紊乱。
全身症状
低热表现：复杂性肛瘘或肛瘘反复发作时，可能会引起全身症状，如低热。部分患者体温可在37.5℃~38℃左右，一般不会出现高热，但长期低热会影响患者的身体状况，导致患者感觉乏力、精神不振等。比如，有的肛瘘患者会持续一段时间的低热，同时伴有食欲减退。消瘦等表现：如果肛瘘病情较长且未得到有效治疗，患者可能会出现消瘦、贫血等情况。这是因为长期的慢性炎症消耗身体能量，影响营养物质的吸收，从而导致患者体重下降、面色苍白等。