唇腭裂主要是胚胎发育过程中出现异常导致的。一般来说，唇腭裂的形成与多种因素相关。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 有研究表明，如果家族中有唇腭裂患者，那么后代患唇腭裂的风险会比普通人群高。大约有20%左右的唇腭裂患儿是因为遗传因素导致的。比如父母一方有唇腭裂病史，其子女发生唇腭裂的概率相对会增加。特定基因变异： 某些特定基因的变异也与唇腭裂的发生密切相关。例如，MSX1、IRF6等基因的变异可能会干扰胚胎面部发育的正常进程，从而增加唇腭裂出现的可能性。
孕期环境因素作用
孕期感染： 孕妇在孕期如果感染了如风疹病毒等病原体，就容易影响胚胎的正常发育。在怀孕早期（怀孕3个月内）感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的几率会明显升高。因为此时是胚胎面部结构发育的关键时期，病毒会干扰面部组织的融合过程。孕期用药不当： 孕妇在孕期如果不合理使用一些药物，也可能增加胎儿患唇腭裂的风险。比如服用了某些抗癫痫药物等，这些药物可能会通过胎盘影响胚胎的发育，干扰面部组织的正常形成。孕期接触有害物质： 孕妇长期接触如铅、汞等有害物质，或者处于空气污染严重的环境中，也可能对胚胎发育产生不良影响，增加唇腭裂发生的概率。例如长期生活在工业污染较为严重的区域，接触到过多的有害化学物质，会影响胚胎面部结构的发育。
营养缺乏因素关联
维生素缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏维生素，尤其是维生素A、维生素B2等，可能会影响胚胎的发育。研究发现，孕妇维生素A摄入不足时，胎儿发生唇腭裂的风险会增加。因为维生素在胚胎面部组织的生长、分化等过程中起着重要的调节作用，缺乏时会导致面部结构发育异常。微量元素缺乏： 孕期微量元素如锌等的缺乏也与唇腭裂有关。锌是胚胎发育过程中多种酶的组成成分，对细胞的分裂、分化等有重要作用，孕妇锌摄入不足会影响胚胎面部的正常融合，进而增加唇腭裂发生的可能性。