唇腭裂的形成是多种因素共同作用的结果。研究发现，大约有2% - 3%的新生儿会出现唇腭裂情况。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有唇腭裂，那么后代出现唇腭裂的风险会增加。有相关研究表明，若父母一方患有唇腭裂，子女患病概率约为4%；若父母双方都患病，子女患病概率可高达15%左右。基因变异关联： 一些特定基因的变异与唇腭裂的发生密切相关，比如MSX1、IRF6等基因的突变，可能会干扰胚胎发育过程中面部组织的正常融合，从而导致唇腭裂的出现。
母体孕期因素影响
孕期营养缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏维生素，像维生素A、维生素B2等，会影响胚胎的正常发育。例如，孕期严重缺乏维生素A时，胎儿发生唇腭裂的几率会明显升高。孕期感染影响： 孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒，在怀孕早期（怀孕3个月内）感染风疹病毒，胎儿患唇腭裂的可能性较大。另外，孕妇感染弓形虫等病原体，也可能干扰胚胎面部的发育进程，增加唇腭裂发生的风险。
药物及环境因素影响
药物使用不当： 孕妇在孕期服用某些特定药物，如抗癫痫药物，可能会对胎儿发育产生不良影响，增加唇腭裂发生的风险。所以孕妇用药必须在医生严格指导下进行。环境污染物接触： 孕妇长期处于污染的环境中，接触到如铅、汞等重金属污染物，或者长期处于高辐射环境下，这些环境因素都可能干扰胚胎的正常发育，使得唇腭裂的发生几率上升。