唇腭裂的形成主要与遗传和环境因素有关。大约有20% - 30%的唇腭裂患儿存在明确的遗传因素，若家族中有唇腭裂患者，后代患病风险会增加。
遗传因素方面
基因变异影响： 多个基因的变异可能与唇腭裂的发生相关。例如，一些涉及面部发育的关键基因发生突变或异常表达时，就可能干扰胚胎面部的正常融合过程，从而导致唇腭裂的出现。研究发现，若父母一方患有唇腭裂，子女患病几率约为4%；若父母双方都患病，子女患病几率可上升至10%左右。家族遗传倾向： 如果家族中有直系或旁系亲属患有唇腭裂，那么遗传给下一代的概率会相对较高。这种遗传倾向是通过基因在家族中的传递来实现的，携带相关致病基因的个体在胚胎发育过程中更容易出现面部发育的异常。
环境因素方面
孕期感染： 孕妇在怀孕期间如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，就可能增加胎儿患唇腭裂的风险。例如，在怀孕早期（通常是怀孕的前3个月）感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的概率会明显升高。这是因为病毒会影响胚胎面部组织的正常发育，干扰面部结构的融合过程。孕期接触有害物质： 孕妇在孕期接触一些有毒有害物质，像某些化学药剂、放射性物质等，也可能导致胎儿唇腭裂。比如长期接触含有苯、甲醛等有害物质的工作环境或生活环境，会对胚胎发育产生不良影响，增加唇腭裂发生的可能性。另外，孕妇过量饮酒、吸烟，酒精和尼古丁等成分会通过胎盘影响胎儿发育，使唇腭裂的发病风险增加。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期缺乏某些重要的营养物质，如叶酸等，也与唇腭裂的发生有关。叶酸对胚胎的神经管和面部发育等都起着关键作用，孕期叶酸不足会干扰胚胎面部结构的正常形成，进而增加唇腭裂的发生几率。一般建议孕妇在孕前3个月至孕早期3个月每天补充0.4 - 0.8毫克的叶酸，以降低胎儿发生唇腭裂等畸形的风险。