唇腭裂是常见的先天性颅面畸形，其形成原因主要涉及遗传因素和环境因素。据统计，约有20%~30%的唇腭裂患儿是由遗传因素导致的，即父母一方或双方携带相关致病基因传递给子代。
遗传因素方面
单基因遗传因素：某些单基因的突变会增加唇腭裂发生的风险。例如，研究发现PTCH1基因等的突变可能与唇腭裂的形成相关。如果家族中有唇腭裂患者，那么家族其他成员患病的风险会比普通人群高。比如，父母一方患有唇腭裂，其子女患病风险约为4%左右；如果父母双方都患病，子女患病风险可高达10%~15%。多基因遗传因素：唇腭裂是多基因遗传病，由多个基因与环境因素共同作用引起。多个微效基因的累加作用以及环境因素的影响，使得个体更容易出现唇腭裂。这种遗传因素不是单一基因的显性或隐性遗传，而是多个基因的协同作用。
环境因素方面
孕期感染：孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒，就可能增加胎儿唇腭裂的发生几率。在怀孕早期（妊娠前3个月）如果感染风疹病毒，胎儿患唇腭裂的风险会明显升高。有研究表明，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿唇腭裂的发生率比未感染孕妇高5倍左右。孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触某些有害物质也会增加胎儿唇腭裂风险。比如长期接触铅等重金属，或者接触一些化学毒物，像某些农药等。另外，孕妇大量吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精中的乙醇等成分会干扰胎儿的正常发育，增加唇腭裂发生的可能性。孕妇每天吸烟超过10支，其胎儿唇腭裂的发生率比不吸烟孕妇要高2倍以上；酗酒的孕妇，胎儿患病风险也会显著增加。孕期营养缺乏：孕妇在孕期缺乏某些重要营养素，如叶酸。叶酸对于胎儿面部发育至关重要，孕期叶酸缺乏会影响胚胎的正常分化，导致唇腭裂等畸形的发生。孕妇在孕前3个月至孕早期3个月内补充叶酸，可以降低胎儿唇腭裂等神经管畸形的发生风险，但如果已经发生缺乏，就可能增加胎儿唇腭裂的几率。