牙齿两边最里面疼痛可能是智齿冠周炎引起的，也可能是第二磨牙龋坏等原因导致。一般来说，智齿冠周炎较为常见，发病率较高。
智齿冠周炎导致的疼痛情况
智齿萌出不全： 人类的智齿通常在18 - 25岁左右萌出，这个阶段很多人的智齿不能完全萌出，牙冠部分被牙龈覆盖，形成一个盲袋，食物残渣容易嵌塞在盲袋内，就容易引发炎症，导致牙齿两边最里面疼痛。局部红肿疼痛： 炎症初期可能只是轻微的胀痛，随着病情发展，会出现局部牙龈红肿、疼痛加剧，严重时吞咽疼痛、张口受限，有的还会伴有发热等全身症状。
第二磨牙龋坏引发的疼痛
龋坏程度发展： 如果第二磨牙发生龋坏，当龋坏进展到牙本质深层甚至接近牙髓时，就会出现疼痛。比如吃冷热酸甜食物时会刺激疼痛，或者在没有刺激时也会隐隐作痛。牙齿外观变化： 可以看到牙齿上有龋洞，颜色发黑或者呈棕色，龋洞周围的牙体组织可能变得脆弱。
牙周炎相关疼痛
菌斑牙石刺激： 牙齿两边最里面的牙齿周围如果有大量菌斑、牙石堆积，会刺激牙龈，引发牙周炎，出现疼痛。菌斑是不断在牙齿表面形成的柔软、无色的细菌膜，牙石则是菌斑钙化后形成的坚硬物质。牙龈退缩出血： 牙周炎还会导致牙龈退缩，牙齿敏感，严重时会有牙龈出血，疼痛也会比较明显，影响进食和正常生活。