食管乳头状瘤的治疗主要以手术切除为主，一般通过内镜下切除即可，多数患者经一次手术就能解决问题。
内镜下切除方式
内镜黏膜切除术（EMR）： 适用于较小的食管乳头状瘤，医生会利用内镜将病变部位完整切除，创伤相对较小，恢复较快。内镜黏膜下剥离术（ESD）： 如果肿瘤稍大或形态不太规则，可能会采用ESD，能更完整地切除病变组织，且可以对切除组织进行病理检查，明确病变性质。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要进食流食或半流食，如米汤、藕粉、鸡蛋羹等，避免食用辛辣、刺激性、过硬的食物，一般术后1 - 2天可逐渐过渡到软食，大约1周后可基本恢复正常饮食，但仍要注意细嚼慢咽，减轻食管负担。观察身体状况： 要留意有无胸痛、呕血、黑便等情况，若出现这些异常，应及时告知医生进行处理。一般术后1周左右需复查内镜，查看创面恢复情况。
特殊人群的治疗考量
老年患者： 老年患者若身体状况较差，不能耐受内镜下手术，医生会综合评估病情，可能会采取保守观察，但需密切随访，观察肿瘤变化。合并基础疾病患者： 对于合并高血压、糖尿病等基础疾病的患者，要在控制基础疾病稳定的情况下进行手术治疗，比如将血压控制在相对平稳的范围（收缩压140mmHg以下，舒张压90mmHg以下）、血糖控制在空腹血糖7mmol/L左右等，以降低手术风险。